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Casi todas las teorías científicas tienen entre sus enunciados algunos que aluden a cosas que no pueden ser percibidas por nuestros sentidos ni siquiera con ayuda de instrumentos adecuados para la época en que esas teorías son propuestas. Por ejemplo, la teoría de Mendel (en una reformulación actualizada) propone que los rasgos se pueden explicar aludiendo a ciertos factores, pero tales factores escapan del terreno de la observación para su época. Estas entidades a las que las teorías se refieren pero que no están en el campo de lo observable, las llamamos "teóricas". Pero debemos notar que son teóricas para esa teoría, ya que en otros campos pasan a ser parte del vocabulario exterior a ese campo. Por ejemplo, el foco de la lente de un microscopio es una entidad teórica para la óptica pero no es una entidad teórica del campo de la microbiología. Y los factores de Mendel no son una entidad teórica para la biología molecular actual.
El problema es que los términos teóricos con los que nos referimos a estas entidades que están fuera del alcance de lo observable para esa teoría, aparecen en afirmaciones generales del estilo de "todos los rasgos son producidos por factores hereditarios" o algo así, y de este modo la presunta ley que hemos descubierto no podría ser el resultado de ninguna generalización a partir de las observaciones. La conclusión es que el método inductivo nos queda chico. 
El método inductivo es entendido como la serie de etapas: observación e inducción para llegar a las leyes y luego un proceso de puesta a prueba mediante el chequeo de sus predicciones. Debe haber algo más en juego para poder llegar a las afirmaciones que contienen términos teóricos.
Otro método aparece en escena como una descripción superadora de la anterior: el método hipotético-deductivo. 
La versión resumida de este método es que los científicos en un contexto de descubrimiento de la teoría, a partir de la observación y de sus propias hipótesis y conocimientos previos proponen una hipótesis explicativa para esas observaciones. Este proceso es un paso creativo del que la filosofía de la ciencia no debe ocuparse. El segundo paso, del que sí debe ocuparse la filosofía de la ciencia, es del proceso de validación de la teoría, esto es el contexto de justificación. Aquí la tarea es extraer las consecuencias de la hipótesis para luego ver si se corresponden con los resultados de las experiencias. De tales resultados diremos si la teoría fue corroborada o refutada (en caso de éxito o fracaso en la predicción, respectivamente).